1. 顯微鏡是精密儀器，使用時必須按照操作規程，做到細心和耐心，切勿操之過急、動作過猛，以防操作失誤而損壞構件。
2. 不要用手觸摸光學玻璃部分，同時防止劇烈碰撞而損壞構件。
3. 觀察時一定要加蓋玻片，不能讓玻片上的水流到移動臺上，更不能讓酸、堿及其他化學藥品接觸顯微鏡，不能讓顯微鏡在陽光下曝曬。
4. 使用細準焦旋鈕時，如遇到不能繼續向同一方向轉動而到達極限時，不能蠻擰，應向相反方向退轉，并轉動粗準焦旋鈕，然后再用細準焦旋鈕進行細調。
5. 目鏡或物鏡如有不潔時，要用專門的鏡紙作直線方向揩拭，切勿用手指或手帕及棉布涂擦。目鏡或物鏡如沾有油污，可先用專門的鏡紙沾少許二甲苯（或無水乙醇和乙醚1∶1）擦拭干凈，再用干凈擦鏡紙揩拭一遍。